一是如何在低温条件下高效稳定运行？Anammox菌的活性随着温度降低而下降， 但只要运行控制得当，该过程是可以在适中温度下进行。

二是如何在高C/N对比、低氮浓度以及低温环境下淘汰或者抑制异养反硝化菌DNB和亚硝酸盐氧化菌NOB？一些控制策略如：残余氨氮、DO限制、短暂缺氧、进水COD限制、好氧SRT的控制等能够实现对DNB和NOB的淘汰和抑制。

三是如何有效保证Anammox菌在反应器内有足够的生物停留时间从而抵消其低生长速率的影响？Anammox反应器的载体或者生物扩增可实现生物持留效果。